高校2年生の米炊おかかは見たものの寸法を完全に数値化出来るという才能の持ち主だったが、「ブスを笑う」というねじれた性格のせいでまともな友達がいなかった。そんな彼の学校では、ところどころ記憶がなくなる生徒や大きな刃物を持った異様な外見の男に襲われた生徒が現れ、学校中に不穏な空気が漂っていた。それは異世界から現れ人間に取り憑く謎の生命体、思念体が原因だった。同じ思念体でありながら人間を守るために思念体と闘う群青新太の姿を見たおかかは彼を助けることを決意する。物質を生み出す思念体の力を持つ新太と、謎のパズル「ベクターボール」を解いたことで物質を作り変えるヴェクターという力を手に入れたおかかは、思念体から学校を取り戻す戦いを始める。